On distingue quatre zones climatiques échelonnées du nord au sud entre les 25ème et 10ème parallèles nord, selon la durée croissante de l'hivernage (saison des pluies) :

• la zone saharienne, désertique, couvre la moitié nord du pays. Les pluies y sont très rares et imprévisibles ;
• la zone sahélienne, steppique, avec une saison des pluies variant de 2 à 3 mois (juillet à septembre) ;
• la zone soudanienne, de savanes ouvertes, reçoit entre 500 et 1000 mm de pluies par an durant 3 à 4 mois (de juin au début d'octobre) ;
• la zone guinéenne, beaucoup plus arrosée que les précédentes.

Le climat est rude mais relativement sain en zone désertique. Dans les autres zones, il est pénible au cours des très fortes chaleurs en fin de saison sèche (avril et mai), et malsain en saison des pluies (juin à octobre) en raison de la prolifération d'insectes. L'existence d'une saison fraîche et sèche (décembre à février) ménage une transition agréable.

Températures extrêmes

Bamako : 16° en décembre - 43° en avril
Gao : 13° en décembre - 48° en juin
Kayes : 16° en décembre - 50° en avril

Précipitations

Bamako - Gao - Kayes
Janvier : 0 mm - Août : 100 mm