Il n'existe pas de religion d'Etat mais la constitution fait obligation aux Indonésiens de déclarer leur appartenance à l'une des quatre grandes religions (islam, christianisme, hindouisme, bouddhisme). L'islam majoritaire (à 88%) fait de l'Indonésie la première nation musulmane au monde. On rencontre également, dans une bien moindre mesure, protestants, catholiques, hindouistes, bouddhistes. Les cultes animistes et le "mysticisme" javanais sont tolérés.

Pour des raisons politiques, les Chinois voient leur liberté de culte restreinte lors de manifestations publiques.