L'Indonésie est l'un des pays les plus chauds et humides de la planète. Selon les îles le climat est soit tropical, soit équatorial.

La zone équatoriale (Sumatra, Bornéo, Célèbes, Irian Jaya) se caractérise par un climat très humide et ne connaît qu'une très courte saison sèche.
Dans la zone tropicale (Java, Bali, petites îles de la Sonde), la saison humide alterne avec une longue saison sèche (six mois environ).
Dans les petites îles de la Sonde, le climat présente même un caractère semi-aride.

L'archipel connaît deux moussons, l'une de novembre à mars, accompagné de fortes pluies, constitue la saison la plus humide, et l'autre, de juin à octobre. Sur l'année, la température reste relativement élevée, la moyenne minimale se situant à 22/23 C° en saison des pluies et la moyenne maximale à 33/34 C°. Il n'y a pas de saisons définies. La moyenne des précipitations oscille entre 1780 mm et 3175 mm par an mais certaines régions peuvent recevoir jusqu'à 4 mètres d'eau (5 mètres dans les régions montagneuses de Kalimatan).