La Constitution ne reconnaît pas de religion officielle mais le luthéranisme est considéré comme la religion historique du pays.

Les deux religions majoritaires sont le luthéranisme chez les Estoniens, et la religion orthodoxe dans les communautés russophones et chez les Estoniens de souche dans le sud-est du pays et les îles. Il existe une paroisse catholique à Tallinn.

Aucune contrainte spécifique n'est imposée aux ressortissants étrangers. La liberté religieuse et de culte est reconnue à tout le monde et garantie par la constitution.